Dna dizileme nasıl yapılır

Dna dizileme ; dna hattında bloklar veya bazlar oluşturma işlemidir.Bu işlemden önce dna küçük parçalara bölünür ve plasmid dna ya (Plazmid, kendi kendini eşleyebilen, kromozomdan ayrı bir DNA parçasıdır. Tipik olarak dairesel ve çift sarmallıdır. Genelde bakterilerde, bazen ökaryotlarda da bulunur.) ve bakterilerin içine konur.Bakteri kendi kopyalarını yapar .Daha sonra dna bakteriden izole edilir ve dizileme için gönderilir.

İzole edilmiş dna dizileme reaksiyonlarının gerçekleşeceği bölüme alınır.O bölümde bazı ek maddeler bulunur ; serbest dna bazları( adenin , guanin , sitozin, timin ), dna polimeraz enzimi ,dna primeri ( dna polimeraz sadece mevcut bir 3'-OH grubuna bir nükleotit ekleyebilir, ve dolayısıyla ilk nükleotidi ekleyebileceği bir başlatıcıya ("primer"e) gerek duyar. Primerler RNA ve DNA bazlarından oluşur, ilk iki baz RNA'dır, ve primaz adlı başka bir enzim tarafından üretilirler.),terminatör bazları ( renklendirilmiş floresans bayraklar eklenmiş, modifiye edilmiş dna bazları).

Dizileme reaksiyonunu başlatmak için her şey 96 santigrata ısıtılır.Bu sıcaklılıkta dna iki ayrı iplikçiğe ayrılır.Sonra sıcaklık 50 santigrata düşürülür.Bu sıcaklıkta dna primeri , plasmid dna ya bağlanır.Sonra sıcaklık 60 santigrata yükseltilir.Dna polimeraz , dna primere bağlanır.Dna polimeraz , bayraklanmamış dna bazlarını ekleyerek ,yeni bir dna iplikçiği yapmaya başlar.Bu durum terminatör baz eklenene kadar devam eder.Terminatör bazlar kimyasal olarak değiştirilmişlerdir bu yüzden dna iplikçiğine daha fazla baz eklenemez.Terminatör baz eklendiği zaman ,dna polimeraz enzimi daha fazla dna yapmayı durdurur ve iplikçikten düşer.Her şey yeniden 96 santigrata ısıtılır ve bu durumda yeni dna iplikçiği , orijinal iplikçikten ayrılır.

Bu ısıtma ve soğutma işlemleri , değişik uzunluklarda dna bölümlerinin üretilmesi için , tekrar tekrar yapılır.Dna frgamentlerinin uzunluğu terminatör başının ne zaman eklendiğine bağlıdır.

Uzunluk vasıtası ile ayrılmış dna nın değişik bölümlerinin dizilemesini okumak için elektroforez denilen bir yöntem kullanılır.İnce bir tüp bu işlemlerin gerçekleştiği bölüme indirilir ve elektrik akımı uygulanır.Bu durum negatif yüklü dna moleküllerinin tübe doğru hareketlenmesini sağlar.Her tüp gözenekli bir jel içerir.Kısa dna fragmenteleri uzun olanlara göre daha hızlı hareket ederler.Sonuç olarak fragmentlerin büyüklülerine göre geçiş sıraları oluşur.

Dna fragmentleri ince tübün sonuna geldiklerinde bir laser ,terminatör bazlarının renkli bölümlerini uyarır , renkler bir kamera tarafından tespit edilir ve kaydedilir.Her terminatör bazı farklı renkler ile işaretlenmiştir. Adenin ; yeşil , sitozin ; mavi , guanin ; sarı , timin ; kırmızı.

En kısa dna en önce en uzun olan ise en son okunur.Dizileme makinası renkli terminatör bazlarını renkli blok serileri olarak kaydeder.Her renkli blok terminatör bazının en sonundaki renk ile temsil edilir.Renkler harflere dönüştürüldüğünde dna nın bütün dizilemesini elde etmiş oluruz.